節水灌溉是兵團設計院的核心專業。主要從事以噴灌、微灌、管道灌溉等型式為主的各種節水灌溉工程設計，業務包括高效節水灌溉設計、農田水利工程設計、灌區規劃，土地整治工程設計，城鎮及工業供水、人畜飲水工程規劃設計，農業工程和土地規劃設計，工程總承包。工程涉及疆內、國內（河北、寧夏、云南、東北）、國外（中亞、南美、非洲）等多個地區。

     目前，兵團設計院的自壓節水灌溉技術實力已處國內領先水平，在自治區及兵團取得了一批重要成果，共完成節水灌溉項目500余項。代表作品有：新疆克拉瑪依20萬畝生態農業綜合開發項目、新疆兵團400萬畝高效節水灌溉工程、南疆地區沙雅縣渭干河灌區50萬畝農業高效節水增收試點工程、新疆阿勒泰地區吉木乃縣“萬駝園”飼草料基地、河北棗強縣設施農業高效節水灌溉建設項目等。